L’opera di rinnovamento del palazzo dalle fondamenta, indicato nel testamento, è possibile ricostruirla giornalmente attraverso i documenti conservati nell’Archivio Corsini.
I lavori iniziano il 20 febbraio 1601 quando vengono registrate le prime “… spese di muraglia” nel “ luogo detto le Corti…”. Pochi giorni dopo, viene effettuato il pagamento di 40 scudi a Santi di Tito, “architetto di detta muraglia”. Il cantiere procede con continuità per tutto il 1602.
Nella prima fase di costruzione la parte più consistente delle spese è rappresentata, da una parte, dal trasporto del materiale residuo del vecchio edificio e di quello derivante dallo sbancamento di parte della collina dove sorgerà la Villa; dall’altra, dall’acquisto di partite di calcina espresse in “some”, cioè in “viaggi” che il “carrettatore” compie dalla fornace al cantiere.
Accanto a queste, l’acquisto di una ingentissima quantità di paglia e crusca per gli animali da soma ci rimanda l’immagine dell’enormità dell’opera intrapresa.
Nel 1603, già si parla di docce dei tetti e vengono fatti i primi acquisti di tegole. Ciò non significa che l’edificio sia già interamente costruito ma piuttosto fa pensare alla necessità di “coprire” i locali per l’arrivo dei mesi invernali.